Avec l'ambition de trouver les mines d'or dont il avait entendu parler, Colomb retourne rapidement aux côtes de Veraguas, arrivant le 6 janvier 1503 à l'embouchure d'une rivière que les indigènes appelaient "Quiebra" (actuellement Belén). Le 24 février 1503, Colomb fonde ce qui serait le premier établissement espagnol en territoire continental : Santa María de Belen, laissant la charge de cette dernière à son frère Bartolomé. Une fois la colonie créée, ils signent un traité de paix avec plusieurs tribus indigènes, principalement avec celle du cacique Quibián, qui a rencontré Colomb à bord de l'un de ses navires. Les envahisseurs espagnols sont par la suite entrés en conflit avec les indiens, Bartolomé ayant ordonné l'arrestation de Quibián ainsi que de toute sa famille.

L’histoire du rhum commence de manière très tardive au Panama : C’est un immigrant espagnol, Don José Varela Blanco qui construit en 1908 le premier moulin pour la canne à sucre dans la ville de Pesé, le centre géographique du pays. Là-aussi, les producteurs de rhums utilisent de la canne à sucre native du pays. La production du rhum est partagée entre différentes distilleries, offrant toutes un certains degré de technicité mais un style léger lié à la distillation en colonne.